Bis[(1<i>S</i>)-1,4-azanediyl-1-(9-deazaadenin-9-yl)-1,4-dideoxy-5-methylsulfanyl-<scp>D</scp>-ribitol] tetrakis(hydrochloride) monohydrate: structure, DFT energy and ligand docking results of a potent methylthioadenosine phosphorylase inhibitor found in different molecular conformations
Notice bibliographique
Résumé
The title compound, abbreviated as 5'ThiomethylImmA, is a potent inhibitor of methylthioadenosine phosphorylase [Singh et al. (2004). Biochemistry, 43, 9-18]. The synchrotron study reported here shows that the hydrochloride salt crystallizes with two independent, nearly superimposable, dications as a monohydrate with formula 2C(12)H(19)N(5)O(2)S(2+)·4Cl(-)·H(2)O. Hydrogen bonding utilizing the H atoms of the dication is found to favour certain molecular conformations in the salt, which are significantly different from those found as bound in the enzyme. Ligand docking studies starting from either of these dications or related neutral structures successfully place the conformationally revised structures in the enzyme active site but only under particular hydrogen-bonding and molecular flexibility criteria. Density functional theory calculations verify the energy similarity of the independent cations and confirm the significant energy cost of the required conformational change to the enzyme bound form. The results suggest that using crystallographically determined free ligand coordinates as starting parameters for modelling may have serious limitations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».