Effects of Oligonucleotide Immobilization Density on Selectivity of Quantitative Transduction of Hybridization of Immobilized DNA
Notice bibliographique
Résumé
Immobilized single-stranded DNA (ssDNA) can be used as a selective “reagent” to bind complementary nucleic acids for applications including detection of pathogenic organisms and genetic mutations. The density of ssDNA on a surface will determine nearest neighbor interactions, surface interactions, and charge density due to ionizable phosphate groups. This may result in a local ionic strength, pH, and dielectric constant at the surface that is substantially different from that in bulk electrolyte solution. It is the local conditions that influence the thermodynamics of hybridization, and this can be studied by the melt temperature ( T m ) of double-stranded DNA (dsDNA). Organosilane chemistry has been used to covalently immobilize hexaethylene glycol linkers and to control the subsequent density of dT 20 that was prepared by automated synthesis. Fiber-optic biosensors based on fused silica optical fibers that were coated with DNA were used in a total internal reflection fluorescence instrument to determine T m from the dissociation of duplexes of mixtures of fluorescein-labeled and unlabeled dA 20 and d(A 9 GA 10 ). Each thermal denaturation of dsDNA at the surface of the optical fibers was accompanied by a 2−3-fold reduction in standard enthalpy change, relative to values determined for denaturation in bulk solution. The experimental results suggest that the thermodynamic stability of duplexes that are immobilized on a surface is dependent on the density of immobilized DNA. Additionally, the deviation in T m arising as a result of the presence of a centrally located single base-pair mismatch was significantly larger for thermal denaturation occurring at the surface of the optical fibers (Δ T m = 6−10 °C) relative to that observed in bulk solution (Δ T m = 3.8−6.1 °C). These results suggest that hybridization at an interface occurs in a significantly different physical environment in comparison to hybridization in bulk solution, and that surface density can be tuned to design analytical figures of merit.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».