Structure of MurNAc 6-Phosphate Hydrolase (MurQ) from <i>Haemophilus influenzae</i> with a Bound Inhibitor
Notice bibliographique
Résumé
The breakdown and recycling of peptidoglycan, an essential polymeric cell structure, occur in a number of bacterial species. A key enzyme in the recycling pathway of one of the components of the peptidoglycan layer, N-acetylmuramic acid (MurNAc), is MurNAc 6-phosphate hydrolase (MurQ). This enzyme catalyzes the cofactor-independent cleavage of a relatively nonlabile ether bond and presents an interesting target for mechanistic studies. Open chain product and substrate analogues were synthesized and tested as competitive inhibitors (K(is) values of 1.1 ± 0.3 and 0.23 ± 0.02 mM, respectively) of the MurNAc 6P hydrolase from Escherichia coli (MurQ-EC). To identify the roles of active site residues that are important for catalysis, the substrate analogue was cocrystallized with the MurNAc 6P hydrolase from Haemophilus influenzae (MurQ-HI) that was amenable to crystallographic studies. The cocrystal structure of MurQ-HI with the substrate analogue showed that Glu89 was located in the proximity of both the C2 atom and the oxygen at the C3 position of the bound inhibitor and that no other potential acid/base residue that could act as an active site acid/base was located in the vicinity. The conserved residues Glu120 and Lys239 were found within hydrogen bonding distance of the C5 hydroxyl group and C6 phosphate group, suggesting that they play a role in substrate binding and ring opening. Combining these results with previous biochemical data, we propose a one-base mechanism of action in which Glu89 functions to both deprotonate at the C2 position and assist in the departure of the lactyl ether at the C3 position. This same residue would serve to deprotonate the incoming water and reprotonate the enolate in the second half of the catalytic cycle.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».