Origin of Chinese Goldfish and Sequential Loss of Genetic Diversity Accompanies New Breeds
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Goldfish, Carassius auratus, have experienced strong anthropogenic selection during their evolutionary history, generating a tremendous extent of morphological variation relative to that in native Carassius. To locate the geographic origin of goldfish, we analyzed nucleotide sequences from part of the control region (CR) and the entire cytochrome b (Cytb) mitochondrial DNA genes for 234 goldfish and a large series of native specimens. Four important morphological characteristics used in goldfish taxonomy-body shape, dorsal fin, eye shape, and tailfin-were selected for hypothesis-testing to identify those that better correspond to evolutionary history. PRINCIPAL FINDING: Haplotypes of goldfish rooted in two sublineages (C5 and C6), which contained the haplotypes of native C. a. auratus from southern China. Values of F(ST) and N(m) revealed a close relationship between goldfish and native C. a. auratus from the lower Yangtze River. An extraordinary, stepwise loss of genetic diversity was detected from native fish to goldfish and from Grass-goldfish relative to other breeds. Significantly negative results for the tests of Tajima's D and Fu and Li's D* and F* were identified in goldfish, including the Grass breed. The results identified eye-shape as being the least informative character for grouping goldfish with respect to their evolutionary history. Fisher's exact test identified matrilineal constraints on domestication. CONCLUSIONS: Chinese goldfish have a matrilineal origin from native southern Chinese C. a. auratus, especially the lineages from the lower Yangtze River. Anthropogenic selection of the native Carassius eliminated aesthetically unappealing goldfish and this action appeared to be responsible for the stepwise decrease in genetic diversity of domesticated goldfish, a process similar to that reported for the domestication of pigs, rice, and maize. The three-breed taxonomy--Grass-goldfish, Egg-goldfish, and Wen-goldfish--better reflected the history of domestication.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».