First Report of <i>Zucchini yellow mosaic virus</i> Associated with Leaf Crinkle and Yellow Mosaic Diseases of Cucurbit Plants in Mali
Notice bibliographique
Résumé
The aphid-transmitted Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV; genus Potyvirus, family Potyviridae) has been reported to cause severe epidemics and yield losses in cucurbit crops worldwide (1). In Africa, ZYMV has been detected in Algeria, Egypt, Madagascar, Mauritius, Mayotte, Morocco, Nigeria, Reunion, South Africa, Sudan, Swaziland, and Tunisia (1). In April 2009, leaf yellowing, mosaic, crinkling, and curling were common on cucurbit plants in fields in Mali. Symptomatic leaf samples were collected from five cucumber (Cucumis sativus) plants in Kati, two watermelon (Citrullus lanatus) plants in Samanko, and one weedy melon (Cucumis sp.) plant in Baguineda. All samples tested positive for ZYMV and were negative for Cucumber mosaic virus (CMV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Papaya ringspot virus type W (PRSV-W), Watermelon mosaic virus (WMV), and Watermelon silver mottle virus (WSMoV) by double-antibody sandwich (DAS)-ELISA. They also tested negative for Melon yellow spot virus (MYSV) by indirect ELISA. Antibodies against ZYMV and WMV were obtained from DSMZ, Braunschweig, Germany, and those against CGMMV, MYSV, PRSV-W, and WSMoV were provided by Shyi-Dong Yeh, National Chung Hsing University, Taichung, Taiwan. Six ZYMV ELISA-positive samples (three cucumber, two watermelon, and the weedy melon sample) were also tested by reverse transcription (RT)-PCR using the potyvirus universal primer pair Sprimer1/Oligo(dT) (2). The expected 1.6-kb viral cDNA was amplified from all six samples and each was sequenced. All sequences obtained from cucumber (GenBank Accession Nos. HM005307, HM005308, and HM005309), watermelon (GenBank Accession Nos. HM005311 and HM005312), and weedy melon (GenBank Accession No. HM005310) isolates were 1,684 nucleotides (nt) long excluding the 3' poly-A tails. They comprised the 3'-terminal of the NIb region (1 to 633 nt), the coat protein region (634 to 1473 nt), and the 3'-untranslated region (1,474 to 1,684 nt). Because the sequences shared high nucleotide identity (98.3 to 99.7%), these isolates were considered to be the same virus species. When the sequences were compared by BLASTn searching in GenBank and analyzed by DNAMAN Sequence Analysis Software (Lynnon Corporation, St-Louis, Pointe-Claire, Quebec, Canada), they were found to have the greatest nucleotide identity (97.4 to 98.0%) with the Connecticut strain of ZYMV (ZYMV-Connecticut; GenBank Accession No. D00692), within a clade of isolates from China, Italy, Japan, and the United States. When assessed separately, their coat protein (97.7 to 98.3% nucleotide and 98.9 to 99.6% amino acid identity) and 3'-untranslated regions (96.7 to 97.2% identity) also had greatest homology with ZYMV-Connecticut. To our knowledge, this is the first report of ZYMV infecting cucurbit plants in Mali. ZYMV should be taken into consideration when breeding cucurbit crops for this region, and managing viral diseases. References: (1) C. Desbiez et al. Plant Pathol. 46:809, 1997. (2) W. S. Tsai et al. Plant Dis. 94:378, 2010.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».