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Enregistrement W2090225469 · doi:10.1186/1471-2350-12-117

Effect of heme oxygenase-1 polymorphisms on lung function and gene expression

2011· article· en· W2090225469 sur OpenAlex
Goh Tanaka, Farzian Aminuddin, Loubna Akhabir, Jian‐Qing He, Karey Shumansky, John E. Connett, Nicholas R. Anthonisen, Raja T. Abboud, Peter D. Paré, Andrew J. Sandford

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueBMC Medical Genetics · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHeme Oxygenase-1 and Carbon Monoxide
Établissements canadiensVancouver General HospitalUniversity of ManitobaSt. Paul's Hospital
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchKillam TrustsNational Institutes of HealthMichael Smith Health Research BC
Mots-clésHMOX1Single-nucleotide polymorphismHeme oxygenaseBiologySNPOxidative stressHemeGene expressionLinkage disequilibriumGeneticsGeneMolecular biologyGenotypeEndocrinologyBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Oxidative stress induced by smoking is considered to be important in the pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD). Heme oxygenase-1 (HMOX1) is an essential enzyme in heme catabolism that is induced by oxidative stress and may play a protective role as an antioxidant in the lung. We determined whether HMOX1 polymorphisms were associated with lung function in COPD patients and whether the variants had functional effects. METHODS: We genotyped five single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the HMOX1 gene in Caucasians who had the fastest (n = 278) and the slowest (n = 304) decline of FEV1 % predicted, selected from smokers in the NHLBI Lung Health Study. These SNPs were also studied in Caucasians with the lowest (n = 535) or the highest (n = 533) baseline lung function. Reporter genes were constructed containing three HMOX1 promoter polymorphisms and the effect of these polymorphisms on H2O2 and hemin-stimulated gene expression was determined. The effect of the HMOX1 rs2071749 SNP on gene expression in alveolar macrophages was investigated. RESULTS: We found a nominal association (p = 0.015) between one intronic HMOX1 SNP (rs2071749) and lung function decline but this did not survive correction for multiple comparisons. This SNP was in perfect linkage disequilibrium with rs3761439, located in the promoter of HMOX1. We tested rs3761439 and two other putatively functional polymorphisms (rs2071746 and the (GT)n polymorphism) in reporter gene assays but no significant effects on gene expression were found. There was also no effect of rs2071749 on HMOX1 gene expression in alveolar macrophages. CONCLUSIONS: We found no association of the five HMOX1 tag SNPs with lung function decline and no evidence that the three promoter polymorphisms affected the regulation of the HMOX1 gene.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,634

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle