Kallikrein gene downregulation in breast cancer
Notice bibliographique
Résumé
Recent evidence suggests that many members of the human kallikrein gene family are differentially regulated in breast cancer and other endocrine-related malignancies. In this study, we utilised the serial analysis of gene expression (SAGE) and expressed sequence tag (EST) databases of the Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) to perform in silico analyses of the expression pattern of the 15 human kallikrein genes in normal and cancerous breast tissues and cell lines using different analytical tools such as Virtual Northern blotting, Digital Differential Display and X-profiler. Our results indicate that at least four kallikrein genes (KLK5, 6, 8, 10) are downregulated in breast cancer. Probing eight normal and 24 breast cancer SAGE libraries with gene-specific tags for each of the above kallikreins indicated moderate-to-high expression densities in normal breast (27-319 tags per million; tpm, in two to five out of eight libraries), compared to no or low expression (0 - 34 tpm in zero to two libraries out of 24) in breast cancer. These data were verified by screening the EST databases, where all mRNA clones isolated for these genes, except for one in each, were from normal breast libraries, with no clones detected from breast cancer tissues or cell lines (with the exception of KLK8). X-profiler comparison of two pools of normal and breast cancer libraries further verified the presence of significant downregulation of expression levels of 4 of the kallikreins genes (KLK5, 6, 10, 12). We experimentally verified the downregulation of these four kallikreins (KLK5, 6, 8, 10 and 12) by RT - PCR analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».