Towards a better understanding of the substrate specificity of the UDP-<i>N</i>-acetylglucosamine C4 epimerase WbpP
Notice bibliographique
Résumé
WbpP is the only genuine UDP-GlcNAc (UDP-N-acetylglucosamine) C4 epimerase for which both biochemical and structural data are available. This represents a golden opportunity to elucidate the molecular basis for its specificity for N-acetylated substrates. Based on the comparison of the substrate binding site of WbpP with that of other C4 epimerases that convert preferentially non-acetylated substrates, or that are able to convert both acetylated and non-acetylated substrates equally well, specific residues of WbpP were mutated, and the substrate specificity of the mutants was determined by direct biochemical assays and kinetic analyses. Most of the mutations tested were anticipated to trigger a significant switch in substrate specificity, mostly towards a preference for non-acetylated substrates. However, only one of the mutations (A209H) had the expected effect, and most others resulted in enhanced specificity of WbpP for N-acetylated substrates (Q201E, G102K, Q201E/G102K, A209N and S143A). One mutation (S144K) totally abolished enzyme activity. These data indicate that, although all residues targeted in the present study turned out to be important for catalysis, determinants of substrate specificity are not confined to the substrate-binding pocket and that longer range interactions are essential in allowing proper positioning of various ligands in the binding pocket. Hence prediction or engineering of substrate specificity solely based on sequence analysis, or even on modelling of the binding pocket, might lead to incorrect functional assignments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».