Molecular characterization of clostridium difficile isolated in Hong Kong SAR
Notice bibliographique
Résumé
Background: Clostridium difficile is a common cause of pseudomenbranous colitis and more often, antibiotic-associated diarrhea, and remains the most common cause of nosocomial diarrhea (15-39%). In 2003, a nosocomial outbreak caused by a hypervirulent strain of C. difficile ribotype 027 was first identified in Quebec, Canada. This strain has now been documented in outbreaks across the US and European countries. The aim of this study was to characterize the toxigenic profile and genotype of C. difficile isolated from hospitalized patients in Hong Kong. Methods: At total of 204 isolates of C. difficile from diarrheal stool samples of hospitalized patients in Hong Kong during the period from January 2009 to December 2009 were recruited in this study. The presence of genes encoding toxin A (TcdA), toxin B (TcdB) and binary toxins (cdtA and cdtB) were detected by multiplex PCR. Single-locus sequence typing of the surface layer protein A gene (slpAST) was also performed for genotyping of these C. difficile isolates. Results: Amongst these 204 C. difficile isolates, 35 (17.16%) strains were found to be non-toxigenic, 151 (74.02%) strains were toxin A + B+, 4 (1.96%) strains possessed toxin A, B and binary toxins, and 5 (2,45%) strains were toxin A-B+. Using slpAST, most isolates were identified as PCR-ribotype 002 (32.8%). The second commonest C. difficile strain was og39 (7.8%), followed by ribotype 018 (5.9%), ribotype 010 (4.9%), ribotype 066 (4.9%), ribotype 014 (3.9%), ribotype 017 (2.9%), and ribotype 001 (2.0%). Conclusion: Ribotype 002 was the predominant genotype in Hong Kong and no ribotype 027 was detected in this study. Although molecular typing is not necessary for routine diagnosis, it is useful in epidemiology studies and recognizing the high-risk strain like ribotype 027 which would facilitate strategic infection control interventions especially during outbreak.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».