The Ternary Structure of the Double-headed Arrowhead Protease Inhibitor API-A Complexed with Two Trypsins Reveals a Novel Reactive Site Conformation
Notice bibliographique
Résumé
The double-headed arrowhead protease inhibitors API-A and -B from the tubers of Sagittaria sagittifolia (Linn) feature two distinct reactive sites, unlike other members of their family. Although the two inhibitors have been extensively characterized, the identities of the two P1 residues in both API-A and -B remain controversial. The crystal structure of a ternary complex at 2.48 A resolution revealed that the two trypsins bind on opposite sides of API-A and are 34 A apart. The overall fold of API-A belongs to the beta-trefoil fold and resembles that of the soybean Kunitz-type trypsin inhibitors. The two P1 residues were unambiguously assigned as Leu(87) and Lys(145), and their identities were further confirmed by site-directed mutagenesis. Reactive site 1, composed of residues P5 Met(83) to P5' Ala(92), adopts a novel conformation with the Leu(87) completely embedded in the S1 pocket even though it is an unfavorable P1 residue for trypsin. Reactive site 2, consisting of residues P5 Cys(141) to P5' Glu(150), binds trypsin in the classic mode by employing a two-disulfide-bonded loop. Analysis of the two binding interfaces sheds light on atomic details of the inhibitor specificity and also promises potential improvements in enzyme activity by engineering of the reactive sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».