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Enregistrement W2091040559 · doi:10.4161/rna.28452

Small regulatory RNAs in Archaea

2014· review· en· W2091040559 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueRNA Biology · 2014
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensInstitute for Marine Biosciences
Organismes subventionnairesDeutsche ForschungsgemeinschaftUniversity of Toledo
Mots-clésHaloferax volcaniiBiologySulfolobus solfataricusArchaeaTransfer RNAGeneticsTranslation (biology)RNAUntranslated regionTranslational regulationSmall RNAEukaryotic translationRibosomeGeneMessenger RNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Small regulatory RNAs (sRNAs) are universally distributed in all three domains of life, Archaea, Bacteria, and Eukaryotes. In bacteria, sRNAs typically function by binding near the translation start site of their target mRNAs and thereby inhibit or activate translation. In eukaryotes, miRNAs and siRNAs typically bind to the 3'-untranslated region (3'-UTR) of their target mRNAs and influence translation efficiency and/or mRNA stability. In archaea, sRNAs have been identified in all species investigated using bioinformatic approaches, RNomics, and RNA-Seq. Their size can vary significantly between less than 50 to more than 500 nucleotides. Differential expression of sRNA genes has been studied using northern blot analysis, microarrays, and RNA-Seq. In addition, biological functions have been unraveled by genetic approaches, i.e., by characterization of designed mutants. As in bacteria, it was revealed that archaeal sRNAs are involved in many biological processes, including metabolic regulation, adaptation to extreme conditions, stress responses, and even in regulation of morphology and cellular behavior. Recently, the first target mRNAs were identified in archaea, including one sRNA that binds to the 5'-region of two mRNAs in Methanosarcina mazei Gö1 and a few sRNAs that bind to 3'-UTRs in Sulfolobus solfataricus, three Pyrobaculum species, and Haloferax volcanii, indicating that archaeal sRNAs appear to be able to target both the 5'-UTR or the 3'-UTRs of their respective target mRNAs. In addition, archaea contain tRNA-derived fragments (tRFs), and one tRF has been identified as a major ribosome-binding sRNA in H. volcanii, which downregulates translation in response to stress. Besides regulatory sRNAs, archaea contain further classes of sRNAs, e.g., CRISPR RNAs (crRNAs) and snoRNAs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,996
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,302
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle