Unusual compact rDNA gene arrangements within some members of the Ascomycota: evidence for molecular co-evolution between ITS1 and ITS2
Notice bibliographique
Résumé
The internal transcribed spacers of the ribosomal DNA tandem repeat were examined in members of the ascomycetous genus Sphaeronaemella. Species of Sphaeronaemella and its mitotic counterpart Gabarnaudia, have a compact rDNA gene arrangement due to unusually short internal transcribed spacer (ITS) regions. Examination of these regions from phylogenetically related taxa, Cornuvesica, Gondwanamyces, and Ceratocystis, showed that their ITS1 and ITS2 regions could be folded into central hairpin-like structures with the size reduction in species of Sphaeronaemella being due to length reduction of the main-hairpin and the loss of smaller hairpin-like structures that emanate from the main hairpin. A databank compilation, combined with newly obtained sequences, provided an ITS data set that includes sequences of 600 species belonging to the Ascomycota. Correlation analysis revealed that the sizes of ITS1 and ITS2 show a strong positive correlation, suggesting that the 2 rDNA regions have co-evolved. This supports biochemical evidence indicating that the ITS1 and ITS2 segments interact to facilitate the maturation of the rRNA precursor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».