Analysis of inherited genetic variations at the<i>UGT1</i>locus in the French-Canadian population
Notice bibliographique
Résumé
The UDP-glucuronosyltransferase UGT1 locus is composed of nine exon 1s, each flanked by a unique promoter region, and common exons (2, 3, 4, and the alternatively spliced exons 5a and 5b). Here, we characterized the genetic architecture of the UGT1 gene in a Caucasian sample. Overall, 98 variations in regulatory domains, exons and exon-intron boundaries were genotyped in 254 unrelated subjects, including 12 unreported UGT1 polymorphisms. We determined allele frequencies, computed pairwise linkage disequilibrium (LD), and inferred haplotypes; this thorough analysis yielding a limited number of common UGT1 haplotypes. Moreover, only 17 haplotype tagging single nucleotide polymorphisms (htSNPs) are required to capture most of the allelic diversity of the locus. Four haplotype blocks were inferred: Block 9/6 (UGT1A9, UGT1A7 and UGT1A6), Block 4 (UGT1A4), Block 3/1 (UGT1A3 and UGT1A1), and Block C (3'UTR). A high level of linkage exists between Blocks 9/6 and 3/1, while the 3'UTR SNPs are genetically isolated. The most common haplotype (16.5%) presents multiple deleterious alleles, mainly 1A1*28, 1A3*2, 1A6*2, and 1A7*4. More interestingly, we reveal the co-occurrences of multiple deleterious variations, some of which could be associated with interindividual differences in glucuronidation. Comparison with the HapMap data set demonstrated differences in haplotypic diversity between ethnic samples, but similarity between Caucasian cohorts, as observed previously. This report provides relevant data for further pharmacogenomic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».