In silico analysis identifies novel restriction enzyme combinations that expand reduced representation bisulfite sequencing CpG coverage
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epigenetics is the study of gene expression changes that are not caused by changes in the deoxyribonucleic acid (DNA) sequence. DNA methylation is an epigenetic mark occurring in C-phosphate-G sites (CpGs) that leads to local or regional gene expression changes. Reduced-representation bisulfite sequencing (RRBS) is a technique that is used to ascertain the DNA methylation of millions of CpGs at single-nucleotide resolution. The genomic coverage of RRBS is given by the restriction enzyme combination used during the library preparation and the throughput capacity of the next-generation sequencer, which is used to read the generated libraries. The four-nucleotide cutters, MspI and TaqαI, are restriction enzymes commonly used in RRBS that, when combined, achieve ~12% genomic coverage. The increase in throughput of next-generation sequencers allows for novel combinations of restriction enzymes that provide higher CpG coverage. RESULTS: We performed a near-neighbor analysis of the four nucleotide sequences most frequently found within 50 nt of all genomic CpGs. This resulted in the identification of seven methylation-insensitive restriction enzymes (AluI, BfaI, HaeIII, HpyCH4V, MluCI, MseI, and MspI) that shared similar restriction conditions suitable for RRBS library preparation. We report that the use of two or three enzyme combinations increases the theoretical epigenome coverage to almost half of the human genome. CONCLUSIONS: We provide the enzyme combinations that are more likely to increase the CpG coverage in human, rat, and mouse genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».