Refinement of the SPG9 locus on chromosome 10q23.3‐24.2 and exclusion of candidate genes
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND PURPOSE: The hereditary spastic paraplegias (HSPs) are a heterogeneous group of neurodegenerative disorders, characterized by a progressive spasticity of the lower limbs. So far, 33 different loci (SPGs) have been mapped and the 15 genes responsible have been identified. We mapped a locus responsible for a form of spastic paraplegia, complicated by bilateral cataracts, gastroesophageal reflux with persisting vomiting and amyotrophy to chromosome 10q23.3-q24.2, in an Italian family. The critical region was in a 12 cm chromosomal interval between markers D10S564 and D10S603 (SPG9, MIM601162). In the same region, two other forms of HSP have been recently mapped: SPG27 and SPG33. In the latter case, the gene responsible has been identified. MATERIALS AND METHODS: To better characterize this region, we genotyped individuals from SPG9-linked families using additional markers and reduced the candidate region to a 4.8 Mb, excluding several genes by positional cloning. RESULTS: The refined SPG9 locus is positioned completely within SPG27 and does not include the SPG33 gene. DISCUSSION: Fifty-two transcripts are present in the refined critical region and 25 strong candidates have been excluded as disease causing genes by direct sequencing. Six of them were also excluded as responsible for SPG27.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».