Toward a Molecular Phylogeny for Peromyscus: Evidence from Mitochondrial Cytochrome-<i>b</i>Sequences
Notice bibliographique
Résumé
One hundred DNA sequences from the mitochondrial cytochrome-b gene of 44 species of deer mice (Peromyscus (sensu stricto), 1 of Habromys, 1 of Isthmomys, 2 of Megadontomys, and the monotypic genera Neotomodon, Osgoodomys, and Podomys were used to develop a molecular phylogeny for Peromyscus. Phylogenetic analyses (maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian inference) were conducted to evaluate alternative hypotheses concerning taxonomic arrangements (sensu stricto versus sensu lato) of the genus. In all analyses, monophyletic clades were obtained that corresponded to species groups proposed by previous authors; however, relationships among species groups generally were poorly resolved. The concept of the genus Peromyscus based on molecular data differed significantly from the most current taxonomic arrangement. Maximum-likelihood and Bayesian trees depicted strong support for a clade placing Habromys, Megadontomys, Neotomodon, Osgoodomys, and Podomys within Peromyscus. If Habromys, Megadontomys, Neotomodon, Osgoodomys, and Podomys are regarded as genera, then several species groups within Peromyscus (sensu stricto) should be elevated to generic rank. Isthmomys was associated with the genus Reithrodontomys; in turn this clade was sister to Baiomys, indicating a distant relationship of Isthmomys to Peromyscus. A formal taxonomic revision awaits synthesis of additional sequence data from nuclear markers together with inclusion of available allozymic and karyotypic data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».