Transcriptome Profiling Identifies Candidate Genes Associated with the Accumulation of Distinct Sulfur γ-Glutamyl Dipeptides in Phaseolus vulgaris and Vigna mungo Seeds
Notice bibliographique
Résumé
Common bean (Phaseolus vulgaris) and black gram (Vigna mungo) accumulate γ-Glutamyl-S-methylcysteine and γ-Glutamyl-methionine in seed, respectively. Transcripts were profiled by 454 pyrosequencing data at a similar developmental stage coinciding with the beginning of the accumulation of these metabolites. Expressed sequence tags were assembled into Unigenes, which were assigned to specific genes in the early release chromosomal assembly of the P. vulgaris genome. Genes involved in multiple sulfur metabolic processes were expressed in both species. Expression of Sultr3 members was predominant in P. vulgaris, whereas expression of Sultr5 members predominated in V. mungo. Expression of the cytosolic SERAT1;1 and -1;2 was approximately fourfold higher in P. vulgaris while expression of the plastidic SERAT2;1 was twofold higher in V. mungo. Among BSAS family members, BSAS4;1, encoding a cytosolic cysteine desulfhydrase, and BSAS1;1, encoding a cytosolic O-acetylserine sulphydrylase were most highly expressed in both species. This was followed by BSAS3;1 encoding a plastidic β-cyanoalanine synthase which was more highly expressed by 10-fold in P. vulgaris. The data identify BSAS3;1 as a candidate enzyme for the biosynthesis of S-methylcysteine through the use of methanethiol as substrate instead of cyanide. Expression of GLC1 would provide a complete sequence leading to the biosynthesis of γ-Glutamyl-S-methylcysteine in plastids. The detection of S-methylhomoglutathione in P. vulgaris suggested that homoglutathione synthetase may accept, to some extent, γ-Glutamyl-S-methylcysteine as substrate, which might lead to the formation of S-methylated phytochelatins. In conclusion, 454 sequencing was effective at revealing differences in the expression of sulfur metabolic genes, providing information on candidate genes for the biosynthesis of distinct sulfur amino acid γ-Glutamyl dipeptides between P. vulgaris and V. mungo.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».