MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2092067258 · doi:10.1186/1742-4690-9-s2-p337

Antigenic mimicry of mammalian oligomannose by a naturally occurring bacterial oligosaccharide and its implications for HIV vaccine design

2012· article· en· W2092067258 sur OpenAlexaff
Cristina De Castro, BE Clark, Kate Auyeung, Alberto M Marzaioli, RL Stanfield, IA Wilson, Ralph Pantophlet

Notice bibliographique

RevueRetrovirology · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHIV vaccineMimicryAntigenVirologyMolecular mimicryAntibodyImmunologyGlycanMedicineHuman immunodeficiency virus (HIV)BiologyMicrobiologyGlycoproteinVaccine trialGeneticsZoology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Oligomannose sugars on gp120 are of significance to HIV vaccine design because of the description of the broadly neutralizing mAb 2G12 and, more recently, of the potent and broadly neutralizing ‘PGT’ series of mAbs, which bind with high affinity to clusters of oligomannose moieties on gp120. Attempts to elicit oligomannose-specific antibodies have focused mainly on immunizing with antigenic clusters of synthetic oligomannose or natural oligomannose. These strategies have had limited success, suggesting that alternative approaches are needed. Here, we present the surface lipo-oligosaccharide (LOS) of Rhizobium radiobacter Rv3 that antigenically mimics the 2G12 epitope, as one potential new avenue of exploration. The chemical structure of the Rv3 OS was determined by NMR and its antigenic similarity to the 2G12 epitope determined by ELISA and X-ray crystallography. Immunogenicity of the Rv3 OS and its ability to elicit antibodies of 2G12-like specificity was assessed by immunizing mice with heat-killed Rv3 bacteria. The detailed chemical analysis of the Rv3 OS revealed that its carbohydrate backbone consists of a unique tetramannose backbone that is analogous to the D1 arm of mammalian oligomannose. 2G12 bound with at least similar affinity to purified Rv3 OS as reported for oligomannose. The 2.4 Å-structure of the 2G12:Rv3 OS complex shows that 2G12 contacts all four mannosyl moieties in the Rv3 backbone that mimic the D1 arm, with the majority of contacts occurring with the terminal mannose disaccharide. Antibodies elicited by immunizing with heat-killed bacteria bound a synthetic tetramannose epitope and monomeric gp120. Although the elicited antibodies failed to exhibit the desired neutralizing activity, our data suggest that presentation of an antigenic analog of mammalian oligomannose in a bacterial context presents a novel avenue for pursuing immunogens to elicit oligomannose-specific HIV neutralizing antibodies. The development of Rv3-based bioconjugates using human carbohydrate vaccine carriers is ongoing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,673
Score d'incertitude au seuil0,570

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueRetrovirologyMême sujetBacteriophages and microbial interactionsTravaux en français237 207