Chemical Modification of Papain and Subtilisin: An Active Site Comparison. An Undergraduate Biochemistry Experiment
Notice bibliographique
Résumé
This experiment demonstrates the specific chemistry of cysteine and serine residues in the active sites of papain and subtilisin. While both protease enzymes catalyze the same reaction on similar substrates, papain uses cysteine to cleave peptide bonds and subtilisin employs serine for the same transformation. Treatment of both enzymes with methyl methanethiosulfonate and phenylmethylsulfonyl fluoride modifies papain and subtilisin, respectively, rendering them inactive. Methyl methanethiosulfonate reacts rapidly and exclusively with available thiols to form mixed disulfides. In the case of papain, the sole available thiol is cysteine-25 in the active site. Once this residue is modified, no further enzymatic activity is observed. Interestingly, the free thiol at cysteine-25 can be easily regenerated from the mixed disulfide, and the return of efficient catalysis can be observed. Phenylmethylsulfonyl fluoride reacts irreversibly with activated serines resulting in near complete inhibition of serine proteases. Subtilisin is modified at serine-221 to give the sulfonic ester rendering the enzyme ineffective at forming an acyl–enzyme complex with a substrate. The comparison of papain and subtilisin highlights the active site differences between the two proteases. The entire experiment can be completed in two, three-hour laboratory periods, or it could be shortened to a single, three-hour period.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».