Energetics of Intermolecular Hydrogen Bonds in a Hydrophobic Protein Cavity
Notice bibliographique
Résumé
This work explores the energetics of intermolecular H-bonds inside a hydrophobic protein cavity. Kinetic measurements were performed on the gaseous deprotonated ions (at the -7 charge state) of complexes of bovine β-lactoglobulin (Lg) and three monohydroxylated analogs of palmitic acid (PA): 3-hydroxypalmitic acid (3-OHPA), 7-hydroxypalmitic acid (7-OHPA), and 16-hydroxypalmitic acid (16-OHPA). From the increase in the activation energy for the dissociation of the (Lg + X-OHPA)⁷⁻ ions, compared with that of the (Lg + PA)⁷⁻ ion, it is concluded that the –OH groups of the X-OHPA ligands participate in strong (5-11 kcal mol⁻¹) intermolecular H-bonds in the hydrophobic cavity of Lg. The results of molecular dynamics (MD) simulations suggest that the –OH groups of 3-OHPA and 16-OHPA act as H-bond donors and interact with backbone carbonyl oxygens, whereas the –OH group of 7-OHPA acts as both H-bond donor and acceptor with nearby side chains. The capacity for intermolecular H-bonds within the Lg cavity, as suggested by the gas-phase measurements, does not necessarily lead to enhanced binding in aqueous solution. The association constant (Ka) measured for 7-OHPA [(2.3 ± 0.2) × 10⁵ M⁻¹] is similar to the value for the PA [(3.8 ± 0.1) × 10⁵ M⁻¹]; Ka for 3-OHPA [(1.1 ± 0.3) × 10⁶ M⁻¹] is approximately three-times larger, whereas Ka for 16-OHPA [(2.3 ± 0.2) × 10⁴ M⁻¹] is an order of magnitude smaller. Taken together, the results of this study suggest that the energetic penalty to desolvating the ligand –OH groups, which is necessary for complex formation, is similar in magnitude to the energetic contribution of the intermolecular H-bonds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».