Mutations in P. falciparum K13 propeller gene from Bangladesh: emerging resistance?
Notice bibliographique
Résumé
Bangladesh is a malaria hypo-endemic country sharing borders with India and Myanmar. ACT remains quite successful in Bangladesh. An increase of heritable artemisinin resistant malaria parasites on the Thai-Cambodia border and subsequently the Thai-Myanmar border is worrisome. K13 propeller gene (PF3D7_1343700 (PF13_0238) mutations have been linked to both in vitro artemisinin resistance and in vivo slow parasite clearance rates and therefore proposed as a marker of artemisinin resistance. We evaluated if mutations seen in Cambodia have emerged in Bangladesh where ACT use is now standard for over a decade. Samples were obtained from P. falciparum infected malaria patients from Upazila Health Complexes (UHC) of seven endemic districts of Bangladesh. These districts included Khagrachhari (Matiranga UHC), Rangamati (Rajsthali UHC), Cox’s Bazar (Ramu and Ukhia UHC), Bandarban (Lama UHC), Mymensingh (Haluaghat UHC), Netrokona (Durgapur and Kalmakanda UHC) and Moulvibazar (Srimongol and Kamalganj UHC). Out of 296 microscopically positive P. falciparum samples, 271(91.6%) were confirmed by both real-time PCR and nested PCR to have pure infection. Nested PCR of the K13 gene amplified 253 (93.4%) samples. After ClustalW alignment and Jalview analysis, we initially found three non-synonymous mutations (A578S, W470C, and Y604H) in Bangladeshi clinical isolates. The A578S mutation was confirmed and lies adjacent to the C580Y mutation, the major mutation observed in Cambodia, and based on computational modeling should have a significant effect on tertiary structure. We conclude that novel mutations that may confer artemisinin resistance are present in certain districts of Bangladesh.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».