Digoxigenin-labelled peptide nucleic acid to detect lactobacilli PCR amplicons immobilized on membranes from denaturing gradient gel electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: To develop a digoxigenin (DIG)-labeled peptide nucleic acid (PNA) probe for the detection of Lactobacillus-related genera amongst eubacterial amplicons obtained from vaginal samples using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) blots. METHODS AND RESULTS: Part of the 16S rRNA gene sequence was used as a target for the PNA probe. After confirming probe specificity using chromosomal DNA from species and isolates that have been detected in the urogenital tract, it was successfully used to detect lactobacilli amplicons generated using eubacterial-specific 16S rRNA gene-targeted primers from vaginal tract samples immobilized on membranes from DGGE. CONCLUSIONS: The Lactobacillus-specific PNA probe could distinguish between DNA fragments from lactobacilli in a DGGE gel from other bacterial species, including those that migrated to a similar position. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: The use of the DIG-labelled PNA probe on blots of eubacterial PCR products from DGGE gels can be used to specifically detect lactobacilli in complex vaginal samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».