Validation of Genetic Sequence Variants as Prognostic Factors in Early-Stage Head and Neck Squamous Cell Cancer Survival
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: From the published literature, we identified 23 germ line sequence variants in 17 genes from hypothesis-generating studies that were associated with prognosis of head and neck cancer, including sequence variants of DNA repair (ERCC1, ERCC4, ERCC5, MSH2, XPA, ERCC2, XRCC1, XRCC3), DNA methylation (DNMT3B), cell cycle and proliferation (CCND1, TP53), xenobiotic metabolism (GSTM1, GSTT1, CYP2D6), metastatic -potential (MMP3), immunologic (CTLA4), and growth factor pathways (FGFR4). The purpose of this study was to validate the role of these 23 sequence variants for overall (OS) and disease-free survival (DFS) in a large, comprehensive, well-annotated data set of patients with head and neck cancer. EXPERIMENTAL DESIGN: We genotyped these sequence variants in 531 patients with stage I and II radiation-treated head and neck cancer (originally recruited for an alpha-tocopherol/beta-carotene placebo-controlled secondary prevention study), and analyzed using Cox proportional hazards models, stratified by treatment arm, adjusting for clinical prognostic factors. RESULTS: Two OS associations were statistically significant for each variant allele when compared with the wild-type: CTLA4: A49G [rs231775; adjusted HR (aHR), 1.32 (1.1-1.6); P = 0.01] and XRCC1: Arg339Gln [rs25487; aHR, 1.28 (1.05-1.57); P = 0.02]. Both of these sequence variants had significant results in the opposite direction as prior published literature. Two DFS associations were of borderline significance in the same direction as prior literature: ERCC2: Lys751Gln [rs13181; aHR, 0.80 (0.6-1.0); P = 0.05] and TP53: Arg72Pro [rs1042522; aHR, 1.28 (1.0-1.6); P = 0.03], comparing number of variant alleles with reference of zero variants. CONCLUSIONS: None of the prognostic sequence variants previously published was validated for OS in our patients with early-stage radiation-treated head and neck cancer, though rs1381and rs1042522 had borderline significant association with DFS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».