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Enregistrement W2092942228 · doi:10.1186/1756-0500-3-264

Using gene expression profiles from peripheral blood to identify asymptomatic responses to acute respiratory viral infections

2010· article· en· W2092942228 sur OpenAlexfundno aff
Alexander Statnikov, Nikita I. Lytkin, Lauren McVoy, Jörn-Hendrik Weitkamp, Constantin Aliferis

Notice bibliographique

RevueBMC Research Notes · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGene expression and cancer classification
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Center for Research ResourcesU.S. National Library of MedicineNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institutes of HealthSchool of Medicine, New York UniversityYork University
Mots-clésAsymptomaticImmune systemImmunologyMicroarrayViral loadMicroarray analysis techniquesRespiratory systemGene expression profilingMedicineGene chip analysisPeripheral bloodGene expressionTranscriptomeVirologyBiologyGeneVirusInternal medicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: A recent study reported that gene expression profiles from peripheral blood samples of healthy subjects prior to viral inoculation were indistinguishable from profiles of subjects who received viral challenge but remained asymptomatic and uninfected. If true, this implies that the host immune response does not have a molecular signature. Given the high sensitivity of microarray technology, we were intrigued by this result and hypothesize that it was an artifact of data analysis. FINDINGS: Using acute respiratory viral challenge microarray data, we developed a molecular signature that for the first time allowed for an accurate differentiation between uninfected subjects prior to viral inoculation and subjects who remained asymptomatic after the viral challenge. CONCLUSIONS: Our findings suggest that molecular signatures can be used to characterize immune responses to viruses and may improve our understanding of susceptibility to viral infection with possible implications for vaccine development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil0,632

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,119
Tête enseignante GPT0,446
Écart entre enseignants0,327 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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