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Enregistrement W2093178792 · doi:10.1534/genetics.110.115196

A Strand Invasion 3′ Polymerization Intermediate of Mammalian Homologous Recombination

2010· article· en· W2093178792 sur OpenAlexafffund
Weiduo Si, Maureen M. Mundia, Alissa C. Magwood, Adam L. Mark, Richard McCulloch, Mark D. Baker

Notice bibliographique

RevueGenetics · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensUniversity Health NetworkOntario Institute for Cancer ResearchUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyHomologous recombinationDNAGeneticsMolecular biologyGeneGene conversionHomology (biology)Homology directed repairIn vitro recombinationRecombinationDNA repairMolecular cloningComplementary DNANucleotide excision repair

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Initial events in double-strand break repair by homologous recombination in vivo involve homology searching, 3' strand invasion, and new DNA synthesis. While studies in yeast have contributed much to our knowledge of these processes, in comparison, little is known of the early events in the integrated mammalian system. In this study, a sensitive PCR procedure was developed to detect the new DNA synthesis that accompanies mammalian homologous recombination. The test system exploits a well-characterized gene targeting assay in which the transfected vector bears a gap in the region of homology to the single-copy chromosomal immunoglobulin mu heavy chain gene in mouse hybridoma cells. New DNA synthesis primed by invading 3' vector ends copies chromosomal mu-gene template sequences excluded by the vector-borne double-stranded gap. Following electroporation, specific 3' extension products from each vector end are detected with rapid kinetics: they appear after 0.5 hr, peak at 3-6 hr, and then decline, likely as a result of the combined effects of susceptibility to degradation and cell division. New DNA synthesis from each vector 3' end extends at least approximately 1000 nucleotides into the gapped region, but the efficiency declines markedly within the first approximately 200 nucleotides. Over this short distance, an average frequency of 3' extension for the two invading vector ends is approximately 0.007 events/vector backbone. DNA sequencing reveals precise copying of the cognate chromosomal mu-gene template. In unsynchronized cells, 3' extension is sensitive to aphidicolin supporting involvement of a replicative polymerase. Analysis suggests that the vast majority of 3' extensions reside on linear plasmid molecules.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,374

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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