Genome-wide, as opposed to local, antisilencing is mediated redundantly by the euchromatic factors Set1 and H2A.Z
Notice bibliographique
Résumé
In Saccharomyces cerevisiae, several nonessential mechanisms including histone variant H2A.Z deposition and transcription-associated histone H3 methylation antagonize the local spread of Sir-dependent silent chromatin into adjacent euchromatic regions. However, it is unclear how and where these factors cooperate. To probe this question, we performed systematic genetic array screens for gene deletions that cause a synthetic growth defect in an htz1Delta mutant but not in an htz1Delta sir3Delta double mutant. Of the four genes identified, three, SET1, SWD1, and SWD3, encode components of the Set1 complex, which catalyzes the methylation of histone H3 on lysine 4 (H3-K4), a highly conserved modification that occurs in the coding sequences of transcribed genes. Using microarray-based transcriptional profiling, we find that H2A.Z and Set1 cooperate to prevent Sir-dependent repression of a large number of genes located across the genome, rather than the local effects reported previously for the individual mechanisms. This global, redundant function appears to be direct: using a DamID chromatin profiling method, we demonstrate ectopic association of Sir3 and Sir4 in htz1Delta set1Delta mutants at loci distant from silent chromatin domains. Antisilencing mechanisms may therefore cooperate to play a considerably broader role in regulating genome-wide transcription than previously thought.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».