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Enregistrement W2093464197 · doi:10.1139/g08-018

Comparative mapping among subsection<i>Australes</i>(genus<i>Pinus</i>, family Pinaceae)

2008· article· en· W2093464197 sur OpenAlexvenueno aff
Mervyn Shepherd, Claire G. Williams

Notice bibliographique

RevueGenome · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueForest ecology and management
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBiologyAllopatric speciationPinaceaeEvolutionary biologySympatric speciationHybrid zoneGenusBotanyGeneticsPinus <genus>Genetic variationGene flowGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Comparative mapping in conifers has not yet been used to test for small-scale genomic disruptions such as inversions, duplications, and deletions occurring between closely related taxa. Using comparative mapping to probe this smaller scale of inquiry may provide clues about speciation in a phylogenetically problematic taxon, the diploxylon pine subsection Australes (genus Pinus, family Pinaceae). Genetic maps were constructed for two allopatric species of Australes, P. elliottii var. elliottii and P. caribaea var. hondurensis, using microsatellites and an F1 hybrid. A third map was generated directly from the meiotic products of an adult F1 hybrid, eliminating the need for an F2 generation. Numerous small-scale disruptions were detected in addition to synteny and collinearity, and these included (1) map shrinkage, (2) a paracentric inversion, (3) transmission ratio distortion, and (4) mild selection against a parental haplotype. Such cryptic signatures of genomic divergence between closely related interfertile species are useful in elucidating this problematic evolutionary history.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,190 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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