Sequence characterization, tissue-specific expression and polymorphism of the porcine intestinal-type fatty acid binding protein gene
Notice bibliographique
Résumé
The intestinal fatty-acid-binding protein (IFABP) shows binding specificity for long-chain fatty acids and is proposed to be involved in the uptake of dietary fatty acids and their intracellular transport. In this study, the full-length cDNA of porcine I-FABP gene was obtained by the rapid amplification of cDNA ends (RACE). The nucleotide sequence and the predicted protein sequence share high sequence identity with its mammalian counterparts. Northern hybridization and semi-quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) revealed that porcine I-FABP is expressed in all 12 tissues studied (heart, brain, kidney, skeletal muscle, testis, liver, skin, small intestine, fat, stomach, lymph and pituitary), but a transcript of approximate 620 bp is more abundant in small intestine than in other tissues. The full-length genomic DNA of the porcine I-FABP gene was amplified by PCR. The coding region of the pig IFABP gene is organized in four exons and spans an approximate 3.5-kb genomic region. Comparative sequencing of four pig breeds revealed a single nucleotide polymorphism (SNP) within exon 1 of which an A→G substitution at codon 21 changes a codon for lysine into a codon for arginine. The distribution of allele and genotype frequencies differed significantly between indigenous Chinese Zang, Dahe and Yanan breeds (higher frequencies of A and AA) and Western Large White breed (higher frequencies of G and GG, P < 0.01). The association analysis using five pig populations suggested that A21G polymorphism was associated with intramuscular fat content, indicating that the I-FABP gene A21G SNP can be a potential molecular marker for intramuscular fat content. Key words: Association analysis, cloning, gene expression, I-FABP gene, polymorphism, porcine
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».