Identification of single nucleotide polymorphisms in the bovine <i>CCL2</i>, <i>IL8</i>, <i>CCR2</i> and <i>IL8RA</i> genes and their association with health and production in Canadian Holsteins
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to identify the presence of SNPs in the chemokine genes CCL2 and IL8 and the chemokine receptor genes IL8RA and CCR2, and assess their potential contribution to variation in estimated breeding values (EBVs) for somatic cell score (SCS) and four other traits in Canadian Holstein bulls. Pools of DNA for bulls with high (H) and low (L) EBVs for SCS were used for identification of 11 SNPs. Two unreported SNPs were found in the CCL2 gene and one SNP was found in the CCR2 gene. Previously reported SNPs (three in the IL8 gene and five in the IL8RA chemokine receptor) were also identified. Two SNPs in CCL2, three in IL8, one in IL8RA and one in CCR2 were genotyped in Canadian Holstein bulls (n = 338) using tetra primer ARMS-PCR. We investigated associations of these seven polymorphisms with three production traits (milk yield, fat yield and protein yield) and one conformation trait related to mastitis (udder depth). The allele substitution effect for the CCL2 rs41255713:T>C SNP was significant at an experimental-wise level for milk yield (247.5 +/- 79.9 kg) and protein yield (7.4 +/- 2.3 kg) EBVs (P <or= 0.05). The associations of the SNPs with SCS EBVs were not significant at an experimental-wise level. However, the allele substitution effect of the CCR2 rs41257559:C>T SNP on SCS was significant at the comparison-wise level (-0.04 +/- 0.02, P = 0.05), which might indicate a possible association in support of other published studies. Lastly, we assigned CCR2 to BTA22q24, where a previously QTL for SCS was identified.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle