The C-terminal Extension of <i>Saccharomyces cerevisiae</i> Hsp104 Plays a Role in Oligomer Assembly
Notice bibliographique
Résumé
The Saccharomyces cerevisiae protein Hsp104, a member of the Hsp100/Clp AAA+ family of ATPases, and its orthologues in plants (Hsp101) and bacteria (ClpB) function to disaggregate and refold thermally denatured proteins following heat shock and play important roles in thermotolerance. The primary sequences of fungal Hsp104's contain a largely acidic C-terminal extension not present in bacterial ClpB's. In this work, deletion mutants were used to determine the role this extension plays in Hsp104 structure and function. Elimination of the C-terminal tetrapeptide DDLD diminishes binding of the tetratricopeptide repeat domain cochaperone Cpr7 but is dispensable for Hsp104-mediated thermotolerance. The acidic region of the extension is also dispensable for thermotolerance and for the stimulation of Hsp104 ATPase activity by poly-l-lysine, but its truncation results in an oligomerization defect and reduced ATPase activity in vitro. Finally, sequence alignments reveal that the C-terminal extension contains a sequence (VLPNH) that is conserved in fungal Hsp104's but not in other orthologues. Hsp104 lacking the entire C-terminal extension including the VLPNH region does not assemble and has very low ATPase activity. In the presence of a molecular crowding agent the ATPase activities of mutants with longer truncations are partially restored possibly through enhanced oligomer formation. However, elimination of the whole C-terminal extension results in an Hsp104 molecule which is unable to assemble and becomes aggregation prone at high temperature, highlighting a novel structural role for this region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».