DNA Sequence Analysis of Three Lactococcus lactis Plasmids Encoding Phage Resistance Mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
The three Lactococcus lactis plasmids pSRQ700, pSRQ800, and pSRQ900 encode the previously described anti-phage resistance mechanisms LlaDCHI, AbiK, and AbiQ, respectively. Since these plasmids are likely to be introduced into industrial Lactococcus lactis strains used to manufacture commercial fermented dairy products, their complete DNA sequences were determined and analyzed. The plasmids pSRQ700 (7784 bp), pSRQ800 (7858 bp), and pSRQ900 (10,836 bp) showed a similar genetic organization including a common lactococcal theta-type replicon. A second replication module showing features of the pMV158 family of rolling circle replicons was also found on pSRQ700. The theta replication regions of the three plasmids were associated with two additional coding regions, one of which encodes for HsdS, the specificity subunit of the type I restriction/modification system. When introduced into L. lactis IL1403, the HsdS of pSRQ800 and pSRQ900 conferred a weak resistance against phage P008 (936 species). These results indicated that both HsdS subunits can complement the chromosomally encoded type I restriction/modification system in IL1403. The genes involved in the phage resistance systems LlaDCHI, AbiK, and AbiQ were found in close proximity to and downstream of the replication modules. In pSRQ800 and pSRQ900, transfer origins and putative tyrosine recombinases were found upstream of the theta replicons. Genes encoding recombination proteins were also found on pSRQ700. Finally, open reading frames associated with bacteriocin production were found on pSRQ900, but no anti-lactococcal activity was detected. Based on our current knowledge, these three plasmids are safe and suitable for food-grade applications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».