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Enregistrement W2094430625 · doi:10.1186/s12864-015-1225-x

Asexual expansion of Toxoplasma gondii merozoites is distinct from tachyzoites and entails expression of non-overlapping gene families to attach, invade, and replicate within feline enterocytes

2015· article· en· W2094430625 sur OpenAlexfundno aff
Adrian B. Hehl, Walter Basso, Christoph Lippuner, Chandra Ramakrishnan, Michał Okoniewski, Robert A. Walker, Michael E. Grigg, Nicholas C. Smith, Peter Deplazes

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueToxoplasma gondii Research Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institutes of HealthUniversität ZürichCanadian Institute for Advanced Research
Mots-clésBiologyMicronemeGeneToxoplasma gondiiTranscriptomeGene expression profilingGeneticsPopulationApicomplexaGene expressionCell biologyPlasmodium falciparum

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The apicomplexan parasite Toxoplasma gondii is cosmopolitan in nature, largely as a result of its highly flexible life cycle. Felids are its only definitive hosts and a wide range of mammals and birds serve as intermediate hosts. The latent bradyzoite stage is orally infectious in all warm-blooded vertebrates and establishes chronic, transmissible infections. When bradyzoites are ingested by felids, they transform into merozoites in enterocytes and expand asexually as part of their coccidian life cycle. In all other intermediate hosts, however, bradyzoites differentiate exclusively to tachyzoites, and disseminate extraintestinally to many cell types. Both merozoites and tachyzoites undergo rapid asexual population expansion, yet possess different effector fates with respect to the cells and tissues they develop in and the subsequent stages they differentiate into. RESULTS: To determine whether merozoites utilize distinct suites of genes to attach, invade, and replicate within feline enterocytes, we performed comparative transcriptional profiling on purified tachyzoites and merozoites. We used high-throughput RNA-Seq to compare the merozoite and tachyzoite transcriptomes. 8323 genes were annotated with sequence reads across the two asexually replicating stages of the parasite life cycle. Metabolism was similar between the two replicating stages. However, significant stage-specific expression differences were measured, with 312 transcripts exclusive to merozoites versus 453 exclusive to tachyzoites. Genes coding for 177 predicted secreted proteins and 64 membrane- associated proteins were annotated as merozoite-specific. The vast majority of known dense-granule (GRA), microneme (MIC), and rhoptry (ROP) genes were not expressed in merozoites. In contrast, a large set of surface proteins (SRS) was expressed exclusively in merozoites. CONCLUSIONS: The distinct expression profiles of merozoites and tachyzoites reveal significant additional complexity within the T. gondii life cycle, demonstrating that merozoites are distinct asexual dividing stages which are uniquely adapted to their niche and biological purpose.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,284
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations122
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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