Notice bibliographique
Résumé
About 40% of the genes in the nematode Caenorhabditis elegans have homologs in humans. Based on the history of this model system, it is clear that the application of genetic methods to the study of this set of genes would provide important clues to their function in humans. To facilitate such genetic studies, we are engaged in a project to derive deletion alleles in every gene in this set. Our standard methods make use of nested PCR to hunt for animals in mutagenized populations that carry deletions at a given locus. The deletion bearing animals exist initially in mixed populations where the majority of the animals are wild type at the target. Therefore, the production of the PCR fragment representing the deletion allele competes with the production of the wild type fragment. The size of the deletion fragment relative to wild type determines whether it can compete to a level where it can be detected above the background. Using our standard conditions, we have found that when the deletion is <600 bp, the deletion fragment does not compete effectively with the production of the wild type fragment in PCR. Therefore, although our standard methods work well to detect mutants with deletions >600 bp, they do not work well to detect mutants with smaller deletions. Here we report a new strategy to detect small deletion alleles in complex DNA pools. Our new strategy is a modification of our standard PCR based screens. In the first round of the nested PCR, we include a third PCR primer between the two external primers. The presence of this third primer leads to the production of three fragments from wild type DNA. We configure the system so that two of these three fragments cannot serve as a template in the second round of the nested PCR. The addition of this third primer, therefore, handicaps the amplification from wild type template. On the other hand, the amplification of mutant fragments where the binding site for the third primer is deleted is unabated. Overall, we see at least a 500-fold increase in the sensitivity for small deletion fragments using our new method. Using this new method, we report the recovery of new deletion alleles within 12 C.elegans genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».