Sequence characterization of the putatively sex-linked <i>Ssu72</i>-like locus in willow and its homologue in poplarThis note is one of a selection of papers published in the Special Issue on Poplar Research in Canada.
Notice bibliographique
Résumé
Previous studies have identified a sequence characterized amplified region (SCAR) marker in Salix viminalis L. that appears to segregate with gender. To characterize this marker, we tested these SCAR primers in poplar ( Populus trichocarpa Torr. & A. Gray) and 12 species of willow ( Salix ). Although amplification was inconsistent with respect to species and gender, products were obtained in four willow species (but not in poplar). The resulting sequences show that the SCAR consists of (i) a length variable purine-rich repeat region and (ii) a region highly conserved between species. The conserved region has an apparent homologue in the poplar genome, where it corresponds to the putative promoter region of an Ssu72-like gene (involved in transcriptional start site regulation) on chromosome XV. We used the poplar genome sequence to design gene-anchored primers that consistently amplify this region and part of the Ssu72-like coding region in willows as well as poplars, irrespective of species and gender. The gene-anchored primers amplify a region that, while conserved, has numerous single feature polymorphisms (SFPs) both within and between species. This region could thus be used for population and phylogenetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».