Evolution and Variation of the H3 Gene of Influenza A Virus and Interaction among Hosts
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Continual mutations to the hemagglutinin (HA) gene of influenza A virus generate novel antigenic strains that cause annual epidemics. The aim of this study was to evaluate evolution tendency of the H3 gene in a long period of time. METHODS: 1842 H3 HA1 nucleotide strains of different hosts were collected for analysis. A two-step clustering method was used to divide strains into groups, and then a phylogenetic tree was constructed based on cluster results. Evolution rate in lineages were future estimated. RESULTS: Tree structure showed three lineages: horse/canine, human/swine and avian. As a single trunk, the human/swine lineage was mainly composed of human strains, and more big branches appeared in recent years. Tree topology showed no evidence that swine affected the main evolution tendency of human H3 strains. The evolution rate of H3 strains varied between lineages. We observed that the rate in the human lineage decreased from 3.2 substitutions/year before 1980 to 1.8 after 1997. CONCLUSION: We concluded that the variation of human H3 gene was associated with swine strains but independent of others, including bird strains. The evolution rate of human H3 strains seems to have decreased in recent years, while the reasons for the rate change need to be further explored.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».