Molecular Dynamics Simulations of β-Ketoacyl-, β-Hydroxyacyl-, and<i>trans</i>-2-Enoyl-Acyl Carrier Proteins of<i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Acyl carrier protein (ACP) is the central player in fatty acid (FA) biosynthesis. It covalently binds all FA intermediates and presents them to the enzymes needed for elongation. Bacterial ACP must interact with a large number of proteins, which raises the question of how different acyl-ACPs are recognized and distinguished from each other. We performed molecular dynamics (MD) simulations of the FA synthase intermediates beta-ketoacyl-, beta-hydroxyacyl, and trans-2-enoyl-ACP spanning from 4 to 18 carbon groups in length. These forms of acyl-ACP have largely yet to be characterized experimentally, and our simulations provide a first insight into these structures. The simulations were conducted with the acyl chain directed into the solvent, as well as in a solvent-protected conformation inside the hydrophobic pocket of Escherichia coli ACP. Spontaneous migration from the solvent-exposed state into the hydrophobic binding pocket of ACP was seen in each of the intermediate classes studied, but not in all the individual simulations. This confirms that the intermediates can enter and utilize the same hydrophobic pockets as saturated acyl chains. In addition, a recurring, novel association of the acyl chains with loop I of ACP was observed that may be occupied transiently before entry into the hydrophobic pocket. The MD simulations of the acyl chains in a solvent-shielded state reveal that the polar functional group in the beta position of the beta-ketoacyl and beta-hydroxyacyl chains anchors these moieties at the cavity entrance, while the chains without a polar group in the beta position lack this additional anchoring atom. This leads to a binding mode in which the beta-ketoacyl and beta-hydroxyacyl chains are positioned further from the bottom of the pocket compared to the saturated and enoyl chains, particularly in short chain (
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».