Identification of Canadian durum wheat [<i>Triticum turgidum</i> L. subsp. <i>durum</i> (Desf.) Husn.] cultivars using AFLP and their STS markers
Notice bibliographique
Résumé
We have developed two identification schemes for currently registered Canadian cultivars of durum wheat [Triticum turgidum L. subsp. durum (Desf) Husn.] based on cultivar-specific amplified restriction fragment polymorphism (AFLPJ) and their sequence tagged sites (STS) markers. Each identification key required seven markers. Transformation of AFLPs into STS markers was done in order to develop a PCR-based identification assay, which was cost effective and required minimal technical expertise. A cultivar diagnostic PCR assay was carried out for each STS primer pair. Five STS primers showed polymorphism among cultivars, but 60% of STS primers (7 out of 12) did not produce any polymorphism. The PCR products of the latter primers were digested with selected restriction enzymes resulting in restriction fragment polymorphism for two more loci. An STS-based identification key was generated for cultivar identification based on either the presence/absence of a DNA band or the presence/absence of a restriction enzyme recognition site after digestion of the PCR products with a restriction enzyme. DNA-based markers can be used as an efficient alternative to morphological traits for cultivar identification and finger printing at any stage of plant development. Moreover, an STS-based assay can be used with a minute amount of plant tissue such as fraction of a seed. Key words: Amplified restriction fragment polymorphism (AFLP), sequence tagged sites (STS), cloning, identification, durum wheat
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».