Abilities of APTIMA, AMPLICOR, and ProbeTec Assays To Detect <i>Chlamydia trachomatis</i> and <i>Neisseria gonorrhoeae</i> in PreservCyt ThinPrep Liquid-Based Pap Samples
Notice bibliographique
Résumé
Infections with Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae are often asymptomatic. Liquid-based Pap (L-Pap) screening may provide samples for testing by commercial assays. Women attending a health clinic or a street youth clinic had a PreservCyt ThinPrep sample and a cervical swab (CS) collected. The L-Pap sample was tested for cytopathology; then 1 ml was transferred to an L-Pap specimen transfer tube for testing by the Gen-Probe APTIMA assays (APTIMA Combo 2 [AC2], APTIMA C. trachomatis [ACT], and APTIMA N. gonorrhoeae [AGC]). The residual L-Pap sample was tested for C. trachomatis and N. gonorrhoeae using Roche AMPLICOR (AMP) and Becton Dickinson ProbeTec (PT). The CS was tested by AC2. A patient was considered infected if two specimens were positive or if a single specimen was positive in two tests. The prevalence of infection was 10% (29/290) for C. trachomatis and 2.4% (7/290) for N. gonorrhoeae. Most of the positive patients had specimens that were reactive in all assays (20/29 for C. trachomatis; 6/7 for N. gonorrhoeae). Four patients had double infections. The sensitivities and specificities of the various tests for the specimens tested were as follows. For C. trachomatis on L-Pap, sensitivity and specificity were 100 and 98.1%, respectively, for ACT, 93.1 and 98.8% for AC2, 86.2 and 91.2% for AMP, and 72.4 and 92.7% for PT. For N. gonorrhoeae on L-Pap, sensitivity and specificity were 100% for both AGC and AC2, 85.7 and 100% for AMP, and 85.7 and 100% for PT. For AC2 with CSs, sensitivity and specificity were 93.1 and 98.5%, respectively, for C. trachomatis, and both were 100% for N. gonorrhoeae. There were significant differences in sensitivity and specificity (P < 0.001). The APTIMA assays were more sensitive and specific than AMP or PT for detecting women's C. trachomatis and/or N. gonorrhoeae infections by testing ThinPrep samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».