Differential gene profiling in acute lung injury identifies injury-specific gene expression*
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Acute lung injury can result from distinct insults, such as sepsis, ischemia-reperfusion, and ventilator-induced lung injury. Physiologic and morphologic manifestations of disparate forms of injury are often indistinguishable. We sought to demonstrate that acute lung injury resulting from distinct insults may lead to different gene expression profiles. DESIGN: Microarray analysis was used to examine early molecular events in lungs from three rat models of acute lung injury: lipopolysaccharide, hemorrhage shock/resuscitation, and high-volume ventilation. SETTING: University laboratory. SUBJECTS: Male Sprague-Dawley rats (body weight, 300-350 g). INTERVENTIONS: Rats were subjected to hemorrhagic shock or lipopolysaccharide followed by resuscitation or were subjected to sham operation. First hit was followed by ventilation with either low (6 mL/kg) or high (12 mL/kg) tidal volume for 4 hrs. MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: Physiologic and morphologic variables were assessed. Total RNA was hybridized to Affymetrix chips. Bioconductor was used to identify significantly altered genes. Functional enrichment predictions were performed in Gene Ontology Tree Machine. Confirmation studies included real-time polymerase chain reaction, Western blots, and immunohistochemistry. Physiologic and morphologic variables were noncontributory in determining the cause of acute lung injury. In contrast, molecular analysis revealed unique gene expression patterns that characterized exposure to lipopolysaccharide and high-volume ventilation. We used hypergeometric probability to demonstrate that specific functional enrichment groups were regulated by biochemical vs. biophysical factors. Genes stimulated by lipopolysaccharide were involved in metabolism, defense response, immune cell proliferation, differentiation and migration, and cell death. In contrast, high-volume ventilation led to the regulation of genes involved primarily in organogenesis, morphogenesis, cell cycle, proliferation, and differentiation. CONCLUSIONS: These results demonstrate the application of functional genomics to the molecular "fingerprinting" of acute lung injury and the potential for decoupling biophysical from biochemical injury.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».