Genetic structure of the four wild tomato species in the<i>Solanum peruvianum</i>s.l. species complex
Notice bibliographique
Résumé
The most diverse wild tomato species Solanum peruvianum sensu lato (s.l.) has been reclassified into four separate species: Solanum peruvianum sensu stricto (s.s.), Solanum corneliomuelleri, Solanum huaylasense, and Solanum arcanum. However, reproductive barriers among the species are incomplete and this can lead to discrepancies regarding genetic identity of germplasm. We used genotyping by sequencing (GBS) of S. peruvianum s.l., Solanum neorickii, and Solanum chmielewskii to develop tens of thousands of mapped single nucleotide polymorphisms (SNPs) to analyze genetic relationships within and among species. The data set was condensed to 14,043 SNPs with no missing data across 46 sampled plants. Origins of accessions were mapped using geographical information systems (GIS). Isolation by distance, pairwise genetic distances, and number of clusters were estimated using population genetics approaches. Isolation by distance was strongly supported, especially between interspecific pairs. Eriopersicon (S. peruvianum s.s., S. corneliomuelleri, S. huaylasense) and Arcanum (S. arcanum, S. neorickii, S. chmielewskii) species groups were genetically distinct, except for S. huaylasense which showed 50% membership proportions in each group. Solanum peruvianum and S. corneliomuelleri were not significantly differentiated from each other. Many thousands of SNP markers were identified that could potentially be used to distinguish pairs of species, including S. peruvianum versus S. corneliomuelleri, if they are verified on larger numbers of samples. Diagnostic markers will be valuable for delimiting morphologically similar and interfertile species in germplasm management. Approximately 12% of the SNPs rejected a genome-wide test of selective neutrality based on differentiation among species of S. peruvianum s.l. These are candidates for more comprehensive studies of microevolutionary processes within this species complex.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».