Investigation of Binding of UDP-Gal<i>f</i> and UDP-[3-F]Gal<i>f</i> to UDP-galactopyranose Mutase by STD-NMR Spectroscopy, Molecular Dynamics, and CORCEMA-ST Calculations
Notice bibliographique
Résumé
UDP-galactopyranose mutase (UGM) is the key enzyme involved in the biosynthesis of Galf. UDP-Galp and UDP-Galf are two natural substrates of UGM. A protocol that combines the use of STD-NMR spectroscopy, molecular modeling, and CORCEMA-ST calculations was applied to the investigation of the binding of UDP-Galf and its C3-fluorinated analogue to UGM from Klebsiella pneumoniae. UDP-Galf and UDP-[3-F]Galf were bound to UGM in a manner similar to that of UDP-Galp. The interconversions of UDP-Galf and UDP-[3-F]Galf to their galactopyranose counterparts were catalyzed by the reduced (active) UGM with different catalytic efficiencies, as observed by NMR spectroscopy. The binding affinities of UDP-Galf and UDP-[3-F]Galf were also compared with those of UDP-Galp and UDP by competition STD-NMR experiments. When UGM was in the oxidized (inactive) state, the binding affinities of UDP-Galf, UDP-Galp, and UDP-[3-F]Galf were of similar magnitudes and were lower than that of UDP. However, when UGM was in the reduced state, UDP-Galp had higher binding affinity compared with UDP. Molecular dynamics (MD) simulations indicated that the "open" mobile loop in UGM "closes" upon binding of the substrates. Combined MD simulations and STD-NMR experiments were used to create models of UGM with UDP-Galf and UDP-[3-F]Galf as bound ligands. Calculated values of saturation-transfer effects with CORCEMA-ST (complete relaxation and conformational exchange matrix analysis of saturation transfer) were compared to the experimental STD effects and permitted differentiation between two main conformational families of the bound ligands. Taken together, these results are used to rationalize the different rates of catalytic turnover of UDP-Galf and UDP-[3-F]Galf and shed light on the mechanism of action of UGM.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».