Analysis and Phylogeny of Small Heat Shock Proteins from Marine Viruses and Their Cyanobacteria Host
Notice bibliographique
Résumé
Small heat shock proteins (sHSPs) are oligomeric stress proteins characterized by an α-crystallin domain (ACD) surrounded by a N-terminal arm and C-terminal extension. Publications on sHSPs have reported that they exist in prokaryotes and eukaryotes but, to our knowledge, not in viruses. Here we show that sHSPs are present in some cyanophages that infect the marine unicellular cyanobacteria, Synechococcus and Prochlorococcus. These phage sHSPs contain a conserved ACD flanked by a relatively conserved N-terminal arm and a short C-terminal extension with or without the conserved C-terminal anchoring module (CAM) L-X-I/V, suggested to be implicated in the oligomerization. In addition, cyanophage sHSPs have the signature pattern, P-P-[YF]-N-[ILV]-[IV]-x(9)-[EQ], in the predicted β2 and β3 strands of the ACD. Phylogenetically, cyanophage sHSPs form a monophyletic clade closer to bacterial class A sHSPs than to cyanobacterial sHSPs. Furthermore, three sHSPs from their cellular host, Synechococcus, are phylogenetically close to plants sHSPs. Implications of evolutionary relationships between the sHSPs of cyanophages, bacterial class A, cyanobacteria, and plants are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».