Modulating the proteinase inhibitory profile of a plant cystatin by single mutations at positively selected amino acid sites
Notice bibliographique
Résumé
Cysteine proteinase inhibitors of the cystatin superfamily have several important functions in plants, including the inhibition of exogenous cysteine proteinases during herbivory or infection. Here we used a maximum-likelihood approach to assess whether plant cystatins, like other proteins implicated in host-pest interactions, have been subject to positive selection during the course of their evolution. Several amino acid sites were identified as being positively selected in cystatins from either Poaceae (monocots) and Solanaceae (dicots). These hypervariable sites were located at strategic positions on the protein: on each side of the conserved glycine residues in the N-terminal trunk, within the first and second inhibitory loops entering the active site of target enzymes, and surrounding the larfav motif, a sequence of unknown function conserved among plant cystatins. Supporting the assumption that positively selected, hypervariable sites are indicative of amino acid sites implicated in functional diversity, mutants of the 8th cystatin unit of tomato multicystatin including alternative residues at positively selected sites in the N-terminal trunk exhibited highly variable affinities for the cysteine proteases papain, cathepsin B and cathepsin H. Overall, these observations support the hypothesis that plant cystatins have been under selective pressure to evolve in response to predatory challenges by herbivorous enemies. They also indicate the potential of site-directed mutagenesis at positively selected sites for the generation of cystatins with improved binding properties.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».