Relationship between RNA splicing and exon editing near intron junctions in wheat mitochondria
Notice bibliographique
Résumé
We have compared the RNA editing status of wheat mitochondrial unspliced precursor transcripts with spliced RNAs, focusing in particular on exon editing sites located very close to intron/exon junctions. Using direct sequencing of reverse transcriptase–PCR products to assess C‐to‐U editing in various RNA populations for the respiratory chain genes nad2, nad4, nad5, nad7, and cox2, we observed that candidate exon sites immediately upstream or downstream of introns remained unedited in the presence of the adjacent intron, whereas sites further away were typically partially (or completely) edited in precursor molecules. The ‘late’ editing of exon sites adjacent to splice junctions is consistent with access of the editing machinery being sterically hindered by the intron or alternatively by an editing recognition element being created by the exon/exon structure. When we examined RNA isolated from the embryo‐to‐seedling stages of wheat development, we found that fully spliced messenger RNAs showed editing at the expected sites in all stages, including dormant seeds. In contrast, we observed that cox2 precursors were less completely edited in RNA populations from 0 to 24 h postimbibition embryos than in 6‐day‐old seedlings not only at splice junctions but also at other exon sites, consistent with more efficient coupling between editing and transcription during later stages of development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».