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Enregistrement W2095524932 · doi:10.1186/1755-7682-2-5

Characterization of the epithelial sodium channel α subunit coding and non-coding transcripts and their corresponding mRNA expression levels in Dahl R versus S rat kidney cortex on normal and high salt diet

2009· article· en· W2095524932 sur OpenAlexafffund
Marlene Shehata

Notice bibliographique

RevueInternational Archives of Medicine · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon Transport and Channel Regulation
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchMemorial University of NewfoundlandPfizer
Mots-clésEpithelial sodium channelMessenger RNAInternal medicineEndocrinologyKidneyRenal cortexMedicineAlpha (finance)G alpha subunitAlternative splicingProtein subunitMolecular biologySodiumBiologyGeneChemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

AIMS/HYPOTHESIS: The alpha subunit of the amiloride-sensitive epithelial sodium channel (alpha ENaC) is critical for the expression of functional channels. In humans and rats, non functional alternatively spliced forms of alpha ENaC have been proposed to act as negative regulatory components for ENaC. The purpose of this study was to examine the presence and consequently investigate the mRNA expression levels of alternatively spliced forms of alpha ENaC in kidney cortex of Dahl salt-resistant rats (R) versus Dahl salt-sensitive rats (S) on high salt and normal diets. METHODS: Using quantitative RT-PCR strategy, we examined the mRNA expression levels of previously reported alpha ENaC-a and -b alternatively spliced forms in kidney cortex of Dahl S and R rats on normal and four-week high salt diet and compared their corresponding abundance to wildtype alpha ENaC mRNA levels. We identified 2 novel non-coding C-terminus spliced forms and examined their mRNA expression in Dahl R versus S rat kidney cortex. We also tested the presence of five previously reported lung-specific alpha ENaC spliced forms in Dahl rat kidney cortex (CK479583, CK475461, CK364785, CK475819, and CB690980). RESULTS: Previously reported alpha ENaC-a and -b alternatively spliced forms are present in Dahl rat kidney cortex and are significantly higher in Dahl R versus S rats (P < 0.05). Four-week high salt diet significantly increases alpha ENaC-b (P < 0.05), but not alpha ENaC-a transcript abundance in Dahl R, but not S rats. Two non-coding alpha ENaC spliced forms -c and -d are newly identified in the present study, whose levels are comparable in Dahl R and S rats. Compared to alpha ENaC-wt, alpha ENaC-a, -c and -d are low abundance transcripts (4 +/- 2, 110 +/- 20, and 10 +/- 2 fold less respectively), in contrast to alpha ENaC-b abundance that exceeds alpha ENaC-wt by 32 +/- 3 fold. We could not identify any of the five previously reported lung-specific alpha ENaC spliced forms (CK479583, CK475461, CK364785, CK475819, and CB690980) in Dahl rat kidney cortex. CONCLUSION/INTERPRETATION: alpha ENaC alternative splicing might regulate alpha ENaC by the formation of coding RNA species (alpha ENaC-a and -b) and non-coding RNA species (alpha ENaC-c and -d). alpha ENaC-a and -b mRNA levels are significantly higher in Dahl R versus S rats. Additionally, alpha ENaC-b is a salt-sensitive transcript whose levels are significantly higher 4-weeks post high salt diet compared to normal salt diet in Dahl R rats. Among the four alpha ENaC transcripts (-a, -b, -c and -d), alpha ENaC-b is a predominant transcript that exceeds alpha ENaC-wt abundance by ~32 fold. alpha ENaC-a and -b spliced forms, particularly, alpha ENaC-b, might potentially act as dominant negative proteins for ENaC activity, thereby rescuing Dahl R rats from developing salt-sensitive hypertension on high salt diet. On the other hand, non-coding alpha ENaC-c and -d might assist alternative splicing, facilitate RNA processing, or regulate alpha ENaC as well as each other.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,311
Score d'incertitude au seuil0,285

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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