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Enregistrement W2095569739 · doi:10.1139/w07-128

Transcriptional regulation of ACC deaminase gene expression in<i>Pseudomonas putida</i>UW4

2008· article· en· W2095569739 sur OpenAlexafffundvenue
Zhenyu Cheng, Bernard P. Duncker, Brendan J. McConkey, Bernard R. Glick

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Microbiology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésPseudomonas putidaBiologyBiochemistryGene expressionGeneEnzymePseudomonasTranscriptional regulationRegulation of gene expressionMolecular biologyBacteriaGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

One of the major mechanisms that plant growth-promoting bacteria use to facilitate plant growth is through the lowering of plant ethylene levels by the bacterial enzyme 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase. Many of the bacterial ACC deaminase genes (acdS) that have been examined to date are under the transcriptional control of a leucine-responsive regulatory protein, Lrp, encoded by acdR and referred to here as AcdR. The work presented here is focused on how AcdR and the newly discovered AcdB protein from Pseudomonas putida UW4 are involved in the regulation of acdS expression. First, the results of gel retardation experiments showed that AcdR binds to the acdS regulatory region, and this binding activity in vitro is not affected by the addition of 2 mmol x L-1 ACC but can be eliminated by addition of 20 microg x mL-1 leucine. Second, a potential regulatory protein, AcdB, involved in the regulation of acdS expression, was identified through both yeast 2-hybrid screen and coimmunoprecipitation based on its ability to bind to AcdR; subsequently, its binding to the acdS regulatory region in the presence of ACC was shown by gel retardation experiments. The data are interpreted in terms of a model in which AcdR and AcdB co-regulate the expression of the acdS gene.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,444
Score d'incertitude au seuil0,989

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,197
Écart entre enseignants0,176 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2008
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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