Comparative Prognostic Value of HPV16 E6 mRNA Compared With In Situ Hybridization for Human Oropharyngeal Squamous Carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: A significant proportion of oropharyngeal squamous cell carcinomas (OSCC) are associated with the human papilloma virus (HPV), particularly HPV16. The optimal method for HPV determination on archival materials however, remains unclear. We compared a quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) assay for HPV16 mRNA to a DNA in situ hybridization (ISH) method, and evaluated their significance for overall (OS) and disease-free (DFS) survival. PATIENTS AND METHODS: Matched, archival biopsies from 111 patients with OSCC were evaluated for HPV16 using a qRT-PCR for E6 mRNA and ISH for DNA. Immunohistochemistry for p16, p53, and epidermal growth factor receptor were also performed. RESULTS: HPV16 E6 mRNA was positive in 73 (66%) of 111 samples; ISH was positive in 62 of 106 samples (58%), with 86% concordance. P16 was overexpressed in 72 samples (65%), which was strongly associated with HPV16 status by either method. E6 mRNA presence or p16 overexpression were significantly associated with superior OS; E6 mRNA, HPV16 ISH, or p16 were all significantly associated with DFS. On multivariate analysis adjusted for age, stage, and treatment, positive E6 mRNA was the only independent predictor for superior OS; for DFS, p16 expression or HPV16 status determined by either method was significant. CONCLUSION: The prevalence of HPV16 in OSCC ranges from 58% to 66%, in a recently treated Canadian cohort. Classification of HPV-positivity by HPV16 E6 mRNA, HPV16 ISH or p16 immunohistochemistry (IHC) is associated with improved DFS. However, the latter two assays are technically easier to perform; hence, HPV16 ISH or p16 IHC should become standard evaluations for all patients with OSCC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».