Molecular evolution of eukaryotes using structural genomic data
Notice bibliographique
Résumé
One of the most challenging evolutionary problems is locating the root of the eukaryote tree. We know that the root lies somewhere within the kingdom Protozoa, but the widespread view that early eukaryotes were amitochondrial has recently been dramatically overturned. Systematic biases in sequence evolution prevent the reliable inference of the eukaryote root from single‐gene trees. Concatenated sequence trees should be more reliable, but leave many possibilities open. In principle deletions/insertions or gene fusions should be superior for this purpose whenever ancestral and derived states are clearly distinguishable. Using a derived gene fusion between dihydrofolate reductase (DHFR) and thymidylate synthase (TS), genes we were able to greatly narrow down the position of the root. This gene fusion clearly divides eukaryotes into two clades: Amoebozoa plus opisthokonts (unikonts, which are ancestrally uniciliate) and bikonts, which are ancestrally biciliate. Another gene fusion between the first three enzymes of the six enzyme pyrimidine synthesis pathway supports this division. This derived three gene fusion is seen in Amoebozoa and opisthokonts (unikonts) but not in bikonts. A third gene fusion in the phosphofructokinse gene which is so far only found in opisthokonts and Amoebozoa further lends support to the eukaryote unikont/bikont divide. Independent support comes from sequence trees based on concatenated protein alignments. Our results show that the primary divergence of eukaryotes was probably between unikonts (animals, Fungi, Choanozoa and Amoebozoa) and bikonts (plants, chromists, all other Protozoa: alveolates, excavates, Rhizaria, Apusozoa) and that the root of the eukaryote tree lies between these two groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».