The AKV Murine Leukemia Virus Is Restricted and Hypermutated by Mouse APOBEC3
Notice bibliographique
Résumé
APOBEC3 proteins are potent restriction factors against retroviral infection in primates. This restriction is accompanied by hypermutations in the retroviral genome that are attributable to the cytidine deaminase activity of the APOBEC3 proteins. Studies of nucleotide sequence diversity among endogenous gammaretroviruses suggest that the evolution of endogenous retroelements could have been shaped by the mutagenic cytidine deaminase activity of APOBEC3. In mice, however, APOBEC3 appears to restrict exogenous murine retroviruses in the absence of detectable levels of deamination. AKV is an endogenous retrovirus that is involved in causing a high incidence of thymic lymphoma in AKR mice. A comparative analysis of several mouse strains revealed a relatively low level of APOBEC3 expression in AKR mice. Here we show that endogenous mouse APOBEC3 restricts AKV infection and that this restriction likely reflects polymorphisms affecting APOBEC3 abundance rather than differences in the APOBEC3 isoforms expressed. We also observe that restriction of AKV by APOBEC3 is accompanied by G-->A hypermutations in the viral genome. Our findings demonstrate that APOBEC3 acts as a restriction factor in rodents affecting the strain tropism of AKV, and they provide good support for the proposal that APOBEC3-mediated hypermutation contributed to the evolution of endogenous rodent retroviral genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».