A congruent solution to arthropod phylogeny: phylogenomics, microRNAs and morphology support monophyletic Mandibulata
Notice bibliographique
Résumé
While a unique origin of the euarthropods is well established, relationships between the four euarthropod classes-chelicerates, myriapods, crustaceans and hexapods-are less clear. Unsolved questions include the position of myriapods, the monophyletic origin of chelicerates, and the validity of the close relationship of euarthropods to tardigrades and onychophorans. Morphology predicts that myriapods, insects and crustaceans form a monophyletic group, the Mandibulata, which has been contradicted by many molecular studies that support an alternative Myriochelata hypothesis (Myriapoda plus Chelicerata). Because of the conflicting insights from published molecular datasets, evidence from nuclear-coding genes needs corroboration from independent data to define the relationships among major nodes in the euarthropod tree. Here, we address this issue by analysing two independent molecular datasets: a phylogenomic dataset of 198 protein-coding genes including new sequences for myriapods, and novel microRNA complements sampled from all major arthropod lineages. Our phylogenomic analyses strongly support Mandibulata, and show that Myriochelata is a tree-reconstruction artefact caused by saturation and long-branch attraction. The analysis of the microRNA dataset corroborates the Mandibulata, showing that the microRNAs miR-965 and miR-282 are present and expressed in all mandibulate species sampled, but not in the chelicerates. Mandibulata is further supported by the phylogenetic analysis of a comprehensive morphological dataset covering living and fossil arthropods, and including recently proposed, putative apomorphies of Myriochelata. Our phylogenomic analyses also provide strong support for the inclusion of pycnogonids in a monophyletic Chelicerata, a paraphyletic Cycloneuralia, and a common origin of Arthropoda (tardigrades, onychophorans and arthropods), suggesting that previous phylogenies grouping tardigrades and nematodes may also have been subject to tree-reconstruction artefacts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».